남일출 목사는 퇴계 이황과 이육사의 고향인 도산에서 3대째 기독교 신앙을 지켜온 가정에 5남매의 장남으로 태어났다.

믿음의 뿌리는 한때 고 이원영 목사가 조사로 섬겼던 도산교회에서 만들어졌다고 한다.
이후 중학교 시절은 온혜교회, 고등학교 시절은 안동서문교회를 다녔고, 총신대학 신학과에 입학하면서 한마음교회, 대전남부교회, 창신교회에서 교육전도사 생활을 했으며, 육군 군목으로 5년간 군 장병들을 섬겼고, 전역 후 수원북부교회와 어린이선교로 잘 알려진 꽃동산교회에서 7년간 부목생활을 했다.

개척교회부터 대형교회까지 두루 사역을 하면서 다양한 사역을 경험했으며, 다양한 사람들을 만날 수 있었다고 한다. 학부시절에는 밀알이라는 동아리를 통해 장애인 사역을, 대전남부교회 시절에는 디딤이라는 호스피스 사역을, 군목시절에는 청년사역을, 꽃동산교회에서는 어린이와 청소년 사역을 배울 수 있었다고 한다.

남일출 목사는 총신대학과 총신대학 신학대학원을 졸업했으며, 총신대학 목회신학전문대학원 상담학 석사(졸업), 박사 과정(수료)을 공부했다.